この世界には、人間の世界とは別に、もう1つの世界がある。バケモノの世界だ。
人間界【渋谷】とバケモノ界【渋天街(じゅうてんがい)】。交わるはずのない2つの世界に生きる、ひとりぼっちの少年とひとりぼっちのバケモノ。
ある日、バケモノ・熊徹(役所広司)に出会った少年(宮﨑あおい)は強さを求め、バケモノの世界へ行くことを決意した。
少年は熊徹の弟子となり、九太という新しい名前を授けられる。
当初はことあるごとに、ぶつかり合う2人だったが、奇妙な共同生活と修行の日々を重ねることで互いに成長し、いつしか、まるで本当の親子のような絆が芽生え始める。
少年が逞しい青年となったある日。
偶然にも、【渋天街】から【渋谷】へ戻った九太(染谷将太)は、高校生の少女・楓(広瀬すず)と出会う。
新しい世界や価値観を教えてくれる楓との出会いによって、九太は自身が本当に生きるべき世界を模索し始めるのだった。
そんな時、人間とバケモノの2つの世界を巻き込んだ大事件が勃発する。
みんなを救うために、自分にできることは何なのか?
熊徹と九太、そして楓。それぞれに決断のときが訪れる――